لكن أولى القرارات التي اتخذتها الأمم المتحدة بعد التوقيع على الاتفاق السياسي أثارت جدلا كبيرا في الشارع الليبي، فقد تم اختيار عضو مجلس النواب الليبي فايز السراج رئيسا لحكومة الوفاق رغم أنه لم يكن من بين الأسماء المطروحة لنيل هذا المنصب.وطلبت الأمم المتحدة من مجلس النواب والمؤتمر الوطني تقديم أسماء مرشحيهم لرئاسة الحكومة، وقام الطرفان بذلك، إلا أن المبعوث الدولي إلى ليبيا آنذاك برناندينو ليون أعلن في مؤتمر صحفي اختيار السراج رئيسا للمجلس الرئاسي.وحتى اليوم لا يعلم الليبيون الجهة التي اختارت رئيس حكومة الوفاق.ونص الاتفاق السياسي على أن مقر المجلس الرئاسي هو العاصمة الليبية طرابلس، إلا أن المجلس باشر اجتماعاته من تونس، فقد رفضت الميليشيات التي تسيطر على العاصمة دخول هذا الجسم الجديد إليها، واستمر المجلس الرئاسي في عقد جلساته في تونس لأكثر من ثلاثة أشهر.وفي الثلاثين من مارس الماضي استطاع المجلس الرئاسي الوصول إلى طرابلس على ظهر فرقاطة بحرية تحت حماية قوات إيطالية، ولجأ المجلس إلى السفر بحرا بعد رفض الميليشيات المسيطرة على مطار معيتيقة نزول الطائرة التي كانت تقل السراج وأعضاء المجلس.