أصدر حضرة صاحب الجلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة عاهل البلاد المفدى، المرسوم رقم 70 لسنة 2012 بإعادة تنظيم وزارة المواصلات.وأعاد المرسوم تنظيم الوزارة بحيث يتبع وزير المواصلات إدارة السياسات والتخطيط الاستراتيجي، وإدارة العلاقات العامة والتسويق. الوكيل المساعد للموارد والمعلومات وتتبعه إدارة نظم المعلومات وإدارة الموارد البشرية وإدارة الموارد المالية، ووكيل الوزارة للنقل البري والبريد وتتبعه إدارة تنظيم قطاع البريد.الوكيل المساعد للبريد وتتبعه إدارة العمليات والعلاقات البريدية وإدارة المكاتب البريدية، والوكيل المساعد للنقل البري وتتبعه إدارة تنظيم النقل البري وإدارة مشاريع النقل البري وإدارة تخطيط ودراسات النقل البري.وكيل الوزارة لشؤون الطيران المدني وتتبعه الوكيل المساعد لخدمات الطيران والأرصاد الجوية وتتبعه إدارة الأرصاد الجوية وإدارة الملاحة الجوية وإدارة النقل الجوي.الوكيل المساعد للسلامة وأمن الطيران وتتبعه إدارة التراخيص الجوية وإدارة سلامة الطيران وإدارة أمن الطيران، ووكيل الوزارة لشؤون الموانئ والملاحة البحرية وتتبعه إدارة المناطق اللوجستية وإدارة الأمن والسلامة.الوكيل المساعد لشؤون الموانئ وتتبعه إدارة عمليات الموانئ وإدارة خدمات الموانئ والشؤون الفنية وإدارة الشؤون التجارية، والوكيل المساعد لشؤون الملاحة البحرية وتتبعه إدارة السلامة وحماية البيئة البحرية وإدارة القوانين البحرية والعلاقات الدولية وإدارة تسجيل السفن والتجارة.