اتهمت منظمات دولية الجيش المالي بارتكاب عمليات قتل عمد للمدنيين وانتقامات في مناطق ديابالي وكونا، خاصة في المناطق التي تم استرجاعها من الجماعات الإسلامية المسلحة. وأظهر شريط فيديو عناصر تابعة للجيش المالي وهم يعذبون أحد المكبلين.واتهم محققو منظمة "هيومن رايتس ووتش" الذين زاروا المنطقة في الأيام الأولى من الحرب، الجيش المالي بارتكاب عمليات نهب وسرقة لممتلكات المواطنين العرب والطوارق.وكشف شهود عيان لمحققي المنظمة أن الجيش المالي رمى بعشرات الأحياء في آبار للمياه العميقة في هذه المناطق، وأطلق نيراناً كثيفة على الجثث بعد رميها.فيما كشفت منظمة "هيومن رايتس ووتش" في تقرير لها عن اختفاء عشرات المدنيين الماليين من الطوارق والعرب، خاصة في مناطق الشمال.وأضافت المنظمة أن العديد من غارات الطيران الفرنسي قتلت مدنيين عزلاً في مناطق غاو وتومبكتو وكيدال.فيما تحدثت وسائل إعلام عن نهب محلات تجارية في تومبكتو يملكها عرب أزواديون في عمليات انتقام مستمرة بعد سيطرة الفرنسيين و القوات المالية عليها.ودعت المنظمة السلطات المالية إلى الإسراع في توفير الحماية لكل الماليين مما وصفتها بأعمال الثأر والتصفية العرقية، وتحدثت وسائل إعلام عن مذابح وانتقامات عنصرية، خاصة في منطقة غاو.