بناء على قرار مجلس الوزارء بضرورة تطبيق نظام الجودة (ISO9001:2008) على كافة إدارات شؤون الطيران المدني، أعلنت إدارة الملاحة الجوية بشؤون الطيران المدني أنها اجتازت بنجاح التدقيق الخارجي لتطبيق نظم الجودة في شهر مارس 2012 من قبل مدققي شركة لويدز العالمية والمتخصصة في نظام الجودة. وأسفر التدقيق عن نتائج إيجابية بالغة تعكس مدى التزام جميع الموظفين بالإدارة المذكورة بنظام الجودة وتحقيق أعلى مستويات الأداء، وعليه فقد أصدرت شركة لويدز العالمية شهادة الجودة للأداء، كما إن إدارة التخطيط الاستراتيجي وضبط الجودة والسلامة قد أشرفت على مراحل التدقيق على إدارة الملاحة الجوية وتحقيقها لهذا الإنجاز.