هناك عدة قواعد وأنظمة تتبع لتسيير جميع شؤون إدارة الإصلاح والتأهيل وهذه القواعد والأنظمة مستقاة من حزمة الاتفاقيات الدولية التي تضمن للنزيل حقوق وحدود لا يمكن النزول عنها في أي حال من الأحوال وذلك عند التعامل معه.تتمثل هذه الحقوق في حق النزيل بمعاملة إنسانية كالحصول على الخدمات والرعاية الطبية مجاناً، الحصول على الغذاء الجيد، ممارسة الطقوس والشعائر الدينية الخاصة به وغيرها من حقوق، ولكن يقابل هذا الحق أيضاً واجب يتعين على النزيل التقيد به، كاحترام القوانين والأنظمة، ارتداء الزي المخصص للنزلاء أثناء الزيارة أو المقابلة أو المراجعات المرضية وأثناء الدوام الرسمي، المحافظة على الممتلكات العامة وعدم حيازة أي مادة أو أداة لا يجيز القانون حيازتها، حيث وضعت هذه الحقوق وتلك الواجبات بهدف حماية النزيل وضمان سير المؤسسة الإصلاحية بعيداً عن الفوضى أو الإخلال بالأمن الذي يهدد النزلاء أنفسهم ويعرضهم للخطر.ومن هذا المنطلق قامت مملكة البحرين بتطبيق القواعد الدنيا لمعاملة النزلاء والصادرة من الأمم المتحدة رغم كونها قواعد استرشادية غير ملزمة، فجعلتها أساساً، تلتزم بها فتعاطي مع النزلاء في إدارة المؤسسات الإصلاحية التأهيلية ومن هذه القواعد الفصل بين الفئات كأن يسجن الرجال والنساء بقدر الإمكان في مؤسسات مختلفة وهذا الأمر متبع في البحرين، والنظافة الشخصية حيث لا يسمح للنزيل بارتداء ملابسه الخاصة ويجب أن يزود بمجموعة ثياب مناسبة للمناخ وكافيه للحفاظ على عافيته ولا يجوز في أي حال أن تكون هذه الثياب مهينة أو حاطة بالكرامة، كما ينبغي توفير طعام للنزلاء ذا قيمة غذائية كافية، وكذلك تقديم الخدمات الطبية المناسبة، وهناك العديد من القواعد التي لم يتم التطرق لها مع العلم بأن مملكة البحرين ممثلة في وزارة الداخلية قامت بتطبيقها والالتزام بها.ولم تكتفي البحرين بهذا الأمر بل أبرمت عدة اتفاقيات مع لجنة الصليب الأحمر تسمح لها بإجراء زيارات ميدانية لإدارة الإصلاح والتأهيل لترتقي الإدارة من خلال ما يبديه أعضاء اللجنة من ملاحظات لتتأكد من تطبيق إدارة الإصلاح والتأهيل المعايير الانضباطية الخاصة بالسجون.وبخصوص ما يرتكب من أفعال يؤثمها القانون من قبل النزلاء فإنه يتم التعامل مع هذه الأفعال بموجب القوانين ذات العلاقة في هذا الشأن كقانون السجون وقانون العقوبات، فقد نص قانون السجون على الأفعال التي تصطدم بنظام الانضباط في السجن ورصد لها مجموعة من العقوبات كتقييد الزيارات أو ساعات الاختلاط لكفالة الأمن.