أوصى المؤتمر العربي لتطوير منظومة حقوق الإنسان في الجامعة العربية بتأييد مبادرة حضرة صاحب الجلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة عاهل البلاد المفدى الخاصة بإنشاء المحكمة العربية لحقوق الإنسان ومقرها مملكة البحرين.وأرجع مؤتمر حقوق العربي، الذي شاركت فيه المؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان، توصيته إلى تصنيف مبادرة عاهل البلاد المفدى كـ»مشروع رائد لتطوير وتنمية وتعزيز حقوق الإنسان باعتبارها آلية قانونية ضرورية لدعم منظومة حقوق الإنسان في إطار جامعة الدول العربية».وأكد المؤتمر، قبل اختتام أعماله في الدوحة، ضرورة «إنشاء المحكمة العربية لحقوق الانسان، وفقاً لاتفاقية أو بروتوكول إضافي ملزم وتوسيع صلاحيات المحكمة، وإعطاء الإلزامية لقراراتها، وضمان معايير الحياد والاستقلالية في تشكيلها، وتوفير كافة الإمكانات المادية والإدارية لها، وفقاً لأفضل الممارسات الإقليمية والدولية وضرورة اعتماد المحكمة العربية لحقوق الإنسان في عملها على المواثيق الإقليمية العربية والاتفاقيات الدولية لحقوق الإنسان وإشراك منظمات المجتمع المدني في وضع النظام الأساسي للمحكمة العربية لحقوق الإنسان».وكان الأمين العام للمؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان د.أحمد فرحان قدم ورقة عمل حول إنشاء محكمة عربية لحقوق الإنسان، تطرق فيها إلى مبادرة جلالة الملك المفدى والخاصة بإنشاء المحكمة حيث تعد هذه المبادرة غير مسبوقة على مستوى العالم العربي، وتضيف بعداً جديداً للعمل العربي المشترك في مجال احترام وحماية حقوق الإنسان .من جهة أخرى، أوصى المؤتمر بتطوير الميثاق العربي لحقوق الإنسان لعام 2004م، وتضمينه نصاً واضحاً حول المبادئ الأساسية لحقوق الإنسان، ووضع بروتوكولات إضافية ملحقة وكذلك تطوير اللجنة العربية لحقوق الإنسان (آلية الميثاق) وتوسيع صلاحياتها في مجال تفسير بنود الميثاق والرقابة وتعيين مقررين وتقصي الحقائق ودراسة الشكاوى والنظر في تعيين مقررين خاصين وانشاء فرق لتقصي الحقائق في مجال انتهاكات حقوق الإنسان وتحديد مهامها وصلاحياتها وفقاً لأفضل الممارسات الإقليمية والدولية وإجراء دراسة شاملة لاستحداث منصب مفوض سام لحقوق الإنسان بجامعة الدول العربية، وبدرجة أمين عام مساعد للجامعة وتطوير وتوسيع مهام وصلاحيات اللجنة العربية الدائمة لحقوق الإنسان ومجالات عملها وتأسيس آلية استعراض دوري شامل في مجال حقوق الإنسان في جامعة الدول العربية.