صدر عن حضرة صاحب الجلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة عاهل البلاد المفدى مرسوم رقم 42 لسنة 2013 بتعديل بعض أحكام المرسوم رقم 54 لسنة 2007 بإنشاء هيئة التخطيط والتطوير العمراني.ونص المرسوم في مادته الأولى أنه يستبدل مسمى وزارة شؤون البلديات والتخطيط العمراني بمسمى وزارة شؤون البلديات والزراعة ومسمى وزير شؤون البلديات والتخطيط العمراني بمسمى وزير شؤون البلديات والزراعة أينما وردا في المرسوم (54) لسنة 2007 بإنشاء هيئة التخطيط والتطوير العمراني.كما نصت المادة الثانية من المرسوم بأنه يستبدل بنص المادة الثامنة من المرسوم رقم (54) لسنة 2007 بإنشاء هيئة التخطيط والتطوير العمراني النص الآتي: المادة الثامنة: تكون للهيئة أمانة عامة لمعاونتها في القيام بمهامها ومتابعة ما يتعلق بشؤون التخطيط والتطوير العمراني مع الوزارات والجهات المعنية. ويتولى تسيير أمور الأمانة العامة أمين عام بدرجة وكيل وزارة مساعد، تحت إشراف رئيس الهيئة، ويتم تنظيم الأمانة العامة وبيان اختصاصات الأمين العام في اللائحة الداخلية لتنظيم سير العمل في الهيئة.