تتولى إدارة الأجور والمزايا الوظيفية بديوان الخدمة المدنية العديد من المهام والمسؤوليات بما يساهم في تحقيق الرؤية والأهداف الاستراتيجية للديوان وتطوير العمل الحكومي، حيث إنها تضع سياسات وأنظمة وبرامج الأجور والتعويضات والمكافآت والإجازات والمزايا الوظيفية في الخدمة المدنية والقواعد والإجراءات المتعلقة بها والإشراف على تطبيقها، ومراجعة وتقييم هياكل الرواتب والأجور المعمول بها في الخدمة المدنية بما يتلاءم ومتطلبات العمل في الجهات الحكومية والمتغيرات في سوق العمل والتوجهات المستقبلية لها.كما تقوم الإدارة بإعداد وإجراء المسوحات على الرواتب والأجور والمزايا الوظيفية في القطاع الخاص وتقديم التوصيات لتعديل الرواتب والعلاوات والأجور بأنواعها المختلفة في الخدمة المدنية، وكذلك تطوير منهجية المسوحات والمقارنات وإجراء الدراسات والتحاليل على الرواتب والعلاوات والأجور والإجازات في الخدمة المدنية ومقارنة نظام التعويضات والأجور والمزايا الوظيفية في الخدمة المدنية مع تلك المعمول بها في القطاع الخاص والهيئات المستقلة، ومقارنة الأنظمة والسياسات المتعلقة بالأجور والتعويضات والمزايا الوظيفية في مملكة البحرين مع الدول المجاورة والدول الأخرى على الصعيدين الإقليمي والدولي.ومن مهام الإدارة أيضاً دراسة وتطوير السياسات والأنظمة المتعلقة بالحوافز والمكافآت التشجيعية في الخدمة المدنية والعمل على ربطها بأنظمة تقييم الأداء الوظيفي بما يساهم في تحفيز الموظفين المتميزين في العمل وتشجيعهم على المحافظة على مستويات أدائهم العالية، فضلاً عن تحفيز الموظفين الآخرين للارتقاء بمستويات أدائهم الوظيفي.كما إن الإدارة تقوم بوضع وتطوير السياسات والأنظمة المتعلقة بالإجازات ودورات ومواقيت العمل في الخدمة المدنية ومراجعتها وتقديم التوصيات المناسبة بشأنها بما يخدم مصلحة العمل في الجهات الحكومية، إضافة إلى دراسة وتطوير سياسات وأنظمة المزايا غير النقدية والقواعد والإجراءات المتعلقة بها.وعلى مستوى التعاون بين السلطتين التشريعية والتنفيذية، فإن إدارة الأجور والمزايا الوظيفية تقوم بدراسة المقترحات المقدمة من مجلس النواب حول تعديلات الرواتب أو العلاوات أو المزايا الوظيفية أو الإجازات وساعات ودورات العمل وتحديد التكاليف الإضافية المترتبة على تطبيقها، كما إنها تعد مشروعات التعليمات والتشريعات القانونية الأخرى المتعلقة بالجوانب التي تتولاها الإدارة، كما تدرس طلبات الجهات الحكومية بشأن العلاوات والتعويضات والأجور والمزايا الوظيفية وغيرها من الأمور التي تتطلب رأي الإدارة، وكذلك دراسة وتطوير السياسات المتعلقة بعلاوات الموظفين الأجانب ومزاياهم الوظيفية.ومن المسؤوليات الملقاة على عاتق الإدارة أيضاً تقديم الاستشارات والدعم الفني لإدارات وأقسام ديوان الخدمة المدنية والجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الأخرى في ما يخص الأجور والتعويضات والمكافآت والإجازات والمزايا الوظيفية الأخرى التي تدخل ضمن اختصاص الإدارة، إضافة إلى وضع وتنفيذ البرامج التدريبية وورش العمل للمتدربين والمسؤولين في الأجهزة الحكومية والمؤسسات والهيئات الأخرى في المجالات التي تختص بها الإدارة.