اعتمد مجلس المفوضين بالمؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان آلية لاختيار من يشغل منصب مدير في الأمانة العامة عبر النشر في الصحف المحلية، حيث تقبل الطلبات خلال 14 يوماً من تاريخ النشر، ومن يجد في نفسه الرغبة في شغل هذه الوظيفة، التقدم بخطاب باسم رئيس المؤسسة الوطنية، مشفوعاً بسيرته الذاتية مبيناً فيها الدرجة أو الدرجات العلمية الحاصل عليها، والمناصب التي تولاها سابقاً، ومدى مساهمته في مجال حقوق الإنسان، وما الذي سيضيفه في عمله كمدير للإدارة التي يتقدم لشغلها في الأمانة العامة.وأقر مجلس المفوضين شروطاً للمتقدم، من كونه بحريني الجنسية، وأن يكون حاصلاً على شهادة البكالوريوس أو ما يعادلها على الأقل، وأن يكون من الشخصيات المشهود لها بالكفاءة والنزاهة، وأن يكون من ذوي الخبرة والدراية والاهتمام والقدرة الإدارية في مجال تخصصه، وأن يكون حسن السيرة والسمعة والسلوك، وألا يكون قد صدر ضده حكم نهائي بعقوبة جناية أو بعقوبة مقيدة للحرية في جريمة مخلة بالشرف أو الأمانة، إلا إذا رد إليه اعتباره، إضافة إلى إجادته اللغتين العربية والإنجليزية تحدثاً وكتابة.وأقر تعيين لجنة للمقابلات والتوصية يترأسها الأمين العام المساعد، وعضوية مديرين على الأقل، بقرار من الرئيس أو الأمين العام -حسب الأحوال- للنظر في الطلبات المقدمة، حيث ستقوم اللجنة بدراسة الطلبات المقدمة، وإجراء المقابلات مع المرشحين، وتقرر أسماء ثلاثة مرشحين ممن استوفوا الشروط الواردة أعلاه ونجحوا في معايير المقابلة الشخصية، وترفق تقييماً خطياً عن كل مرشح تبين فيه رأيها بموضوعية وعلى أسس مهنية محددة ذات صله بالاختصاص المطلوب.وتعرض الأسماء على الأمين العام الذي يتولى ترتيب الأولوية من بينهم وفقاً لما تستقر عليه رؤيته، وله أن يعرب عن رأيه خطياً فيمن يراه الأنسب لتولي المسؤولية، مبيناً أسباب ذلك، ويقدم تقرير اللجنة ورأي الأمين العام -إن وجد- إلى مكتب مجلس المفوضين، والذي يختار في اجتماع رسمي المرشح الأنسب من بين الأسماء التي اعتمدتها لجنة المقابلات والتوصية، ومن ثم يتولى رئيس المؤسسة إخطار مجلس المفوضين بقرار مكتب المجلس، ويصدر قراراً بذلك.