في نهاية عام 1943، ظهرت أول أزمة دبلوماسية وسياسية بين الدولتين، حيث اعتقلت الشرطة السعودية أحد الحجاج الإيرانيين داخل الحرم المكي وهو يلقي القاذورات على الكعبة الشريفة ويشتم الرسول والصحابة عليهم الصلاة والسلام، وألقت السلطات السعودية القبض عليه وتم إعدامه.فجاءت ردود الفعل الإيرانية غاضبة ومتهمة السلطات السعودية بالتشدد وأن الرجل أصيب بالدوار أثناء الطواف مما أدى به إلى الاستفراغ قرب الكعبة، وأرسلت إيران إلى السعودية بشكل رسمي «إن السفارة تحتفظ بكامل حق الدولة الإيرانية»، ونتيجة لهذه الحادثة قام البلدان باستدعاء ممثليهما لدى الطرفين وقطعت العلاقات الدبلوماسية بشكل رسمي عام 1944 وأعيدت بعد عامين بوساطة عربية.وفي 1950 كانت إيران من أول الدول التي اعترفت بالكيان الإسرائيلي، وكان ذلك سبباً لخلاف آخر بين إيران والسعودية حيث كانت الصحف الإيرانية تشجع يهود إيران على الهجرة لإسرائيل. وفي عام 1968، كان التوتر هو المسيطر على العلاقات بين البلدين، بسبب انسحاب البريطانيين من البحرين وزيارة الشيخ عيسى آل خليفة ملك مملكة البحرين إلى السعودية، حيث رأت إيران أن استقبال الشيخ عيسى اعتراف سعودي بالدولة البحرينية الجديدة. وهددت إيران بضم البحرين بالقوة العسكرية إلى أراضيها فرد الملك فيصل بأن أي هجوم على البحرين سيرد عليه من السعودية، وفي نهاية العام قام الشاه بزيارة السعودية في محاولة لرأب الصدع مجدداً مع إصرار الشاه في إيران على رفض استقلال البحرين وبقاء مقاعد البحرين في البرلمان الإيراني فارغة.وفي عام 1986 قام بعض الإيرانيين بإدخال مواد متفجرة إلى المملكة العربية السعودية، وذلك أثناء دخولهم إلى الأراضي السعودية لأداء فريضة الحج، وقد قامت السلطات السعودية بالقبض عليهم وعرضهم على السلطات السعودية، حيث اعترفوا بأنهم كانوا يريدون تفجير هذه المواد داخل الحرم المكي كما سجلت اعترافاتهم وأعلنت بالتلفزيون السعودي، ونتج عن ذلك توتر في العلاقات السعودية الإيرانية.وبعد مرور عام من إدخال المواد المتفجرة داخل الحدود السعودية، تجدد التوتر الذي لم يهدأ بين البلدين، ففي 1987، بعد أن حاول الحجاج الإيرانيون إثارة الشغب داخل المملكة بهتافات مثيرة، حيث تم ترديد شعارات تندد بالاحتلال الإسرائيلي على غزة وتحرير المسجد الأقصى. وفي أواخر الثمانينات وتحديداً في 1988، تم قطع العلاقات الدبلوماسية بين السعودية وإيران، بعد مصرع عدد من الإيرانيين، أثناء أدائهم فريضة الحج، في صدامات مع الشرطة السعودية، حيث قام الحجاج الإيرانيون بمظاهرة سياسية عنيفة ضد الموقف السعودي الداعم للعراق أثناء الحرب العراقية الإيرانية، تلاها احتلال محتجين للسفارة السعودية في طهران ووفاة دبلوماسي سعودي متأثراً بجراحه، كما أقدم المحتجون على إحراق السفارة الكويتية.في العام 1999 ومع انتخاب محمد خاتمي رئيساً شهدت العلاقات انفراجاً بين البلدين توجت باتفاقية أمنية العام 2001، قبل أن تشهد الأمور تدهوراً عقب احتلال العراق في العام 2003 وسيطرة إيران على المشهد السياسي في بغداد.ومع اتساع البرامج النووية الإيرانية منذ بداية الألفية الثانية، أبلغت السعودية مبعوثاً إيرانياً في يناير من العام 2007 أن طهران تعرض منطقة الخليج للخطر، التهديدات استمرت وكشفت الولايات المتحدة في العام 2012 عن مخطط لاغتيال عادل الجبير السفير السعودي لدى واشنطن آنذاك.إلا أن المنحى الأكثر خطورة بدأ يتجلى عند اندلاع الثورات ومحاولة إيران استغلالها في عدد من الدول العربية عبر تدخلها المباشر أكان في اليمن والعراق ولبنان وسوريا، أو غير المباشر كحالة البحرين، في مسعى لإشعال الفتنة. وخلال العام الماضي 2015 ، هاجمت إيران الرياض بسبب حادث رافعة مكة وطلبت «هيئة أمناء» لإدارة الحرم، وكانت حادثة تدافع منى في موسم الحج الأخير، سبباً في توتر العلاقات الإيرانية السعودية، والذي راح ضحيته عدد كبير من الحجاج الإيرانيين، ووقتها طالبت طهران بتسيير مشترك تحت مظلة منظمة التعاون الإسلامي لمناسك الحج.