عندما أراد الخميني تطبيق نظرية و?ية الفقيه واجه معارضة واسعة من قبل الكثير من مراجع الحوزة التقليديين في قم والنجف، معتبرين نظرية الخميني نظرية تكرس هيمنة مرجع واحد على حساب تعدد المرجعيات، ومن هنا طالب المرجع محمد الشيرازي بتطبيق نظرية شورى الفقهاء، وقد أيده في ذلك المرجع محمد طاهر الخاقاني، فيما رفضت حوزة النجف وعدد من مراجع حوزة قم كلتا النظريتين. وقد جاءت نظرية و?ية الفقيه في الوقت الذي كانت الساحة الإيرانية تشهد صراعاً بين تنظيم جماعة الحجتية الرافضة لقيام أي ثورة أو دولة دينية قبل ظهورالمهدي المنتظر (شبيهة بنظرية حركة ناطوري كاتيا اليهودية التي ترفض قيام أي دولة يهودية قبل ظهور المسيح)، غير أن الخميني استطاع بسبب الظروف التي هيأتها الحرب مع العراق من فرض نظريته بقوة القمع ودحر القوى السياسية والدينية المعارضة له. وبقيت جماعة الحجتية منعزلة تعمل في الخفاء وتتمدد في مفاصل الدولة سراً وتدعم التيار الإصلاحي وتدفع به للواجهة لإضعاف سلطة الولي الفقيه، وبنفس الوقت كانت تظهر للولي الفقيه (خامنئي) التقرب حتى تمكنت من إقناعه بتأييد ترشيح رئيس بلدية طهران الجنرال أحمدي نجاد إلى رئاسة الجمهورية، وهو الذي كان ينتمي سراً لجماعة الحجتية.فقبول خامنئي بهذا الخيار كان نتيجة تخوفه الشديد من التيار الإصلاحي الذي كان يعمل ليس فقط على إلغاء منصب الولي الفقيه؛ بل كان يعمل أيضاً على إلغاء الدولة الدينية وتحويل إيران إلى دولة مدنية، هذا ما كانت تحاول الحجتية تخويف خامنئي منه.وعندما وصل أحمدي نجاد إلى رئاسة الجمهورية بالغ في إظهار الو?ء والطاعة للولي الفقيه حتى يتمكن من إزاحة الإصلاحيين من أمامه، وحين تحقق له ذلك في الدورة الأولى، قام في الدورة الثانية من رئاسته بالتقليل من مظاهر الو?ء لخامنئي، وأخذ يتجه إلى إبراز و?ئه لرجال الدين المحسوبين على جماعة الحجتية والمعارضين لنظرية و?ية الفقيه، وهنا أخذ نشاط الجماعة يظهر إلى السطح.وفجأة طرحت نظريتها التي سميت (بعصر الظهور)، والتي تعني أن العالم يعيش مرحلة ظهور المهدي المنتظر، وهي من الناحية العملية تعني إلغاء دور الولي الفقيه لعدم وجود مبرر لبقائه طالما أن ظهور الإمام المعصوم الغائب أصبح على الأعتاب، وقد أصبح الرئيس أحمدي نجاد المروج الأبرز لهذا الأمر. لقد تمكنت الحجتية من خلال طرح نظرية عصر الظهور من إحداث زلزال كبير في نظرية و?ية الفقيه وإضعاف موقع الولي، مما أثار حفيظة خامنئي واتباع نظرية و?ية الفقيه ودفعه إلى التخلي عن نجاد وإطلاق حملة ضده والعودة إلى التحالف مع الإصلاحيين الذين كان قد انقلب عليهم.إن هذا الصراع الذي أدى إلى حصول تقلب في مواقف الولي الفقيه من جبهة إلى أخرى، لم يكن النظام الديني الإيراني خاصة والعقيدة الدينية عامة بمنأى من الإصابة بشظاياه. وما يفسر ذلك هروب النظام للأمام ، سواء ذلك من خلال التخلي عن المشروع النووي أو من خلال الدخول في مفاوضات إعادة العلاقات مع من كان يعده الشيطان الأكبر (أمريكا).أما على صعيد العقيدة الدينية فيكفي النظر إلى الإحصائيات التي تقدمها مواقع الأقليات الدينية الإيرانية من بهائية ونصرانية ومجوسية وغيرها، والتي تشير إلى تصاعد أعداد أتباعها نتيجة ترك الإيرانيين الشيعة لدينهم واعتناق هذه الديانات، ولمن أراد التأكد من حقيقة هذا الأمر ما عليه سوى ا?ستماع لخطب كبار رجال الدين الشيعة وقراءة المقا?ت والتقارير المدونة في الصحف والمواقع الإعلامية الرسمية، والتي تحذر من خطر انقراض التشيع في إيران على مدى العقود الثلاثة القادمة.