كشف مسؤولون في الجيش الحر عن تعاون كبير بين تنظيم "داعش" ونظام الأسد حيث قام التنظيم أكثر من مرة بالهجوم على عناصر الثوار وهم يحاصرون مراكز عسكرية للنظام، وهو ما يؤدي لفك الحصار عن قوات الأسد.لكن هذه الاتهامات بقيت حديث الغرف المغلقة خوفاً من عقاب التنظيم الذي كان يختطف ويقتل كل من يقف في وجهه.وبعد أن اتضحت معالم المعركة مع "داعش" بدأت تخرج قصص ودلائل للعلن تؤكد تلك الاتهامات، فوفقاً للعقيد عرفات حمود أحد قيادات الجيش الحر فإن داعش ساهم بفك الحصار عن عدة مواقع لقوات الأسد كادت تسقط بيد الثوار.كما ظهرت صور أخرى عبر الجيش الحر أيضا أكدت وجود ضباط مخابرات للنظام السوري بين قيادات التنظيم.اتهامات خطيرة تبرر بنظر ناشطين عدم تعرض أي من مقرات داعش للقصف من قبل النظام فيما تستهدف يوميا مقار الجيش الحر.كما يؤكد ناشطون وصول بعض من اختطفوا على يد التنظيم إلى سجون النظام بطريقة سرية كالطبيب البريطاني عباس خان الذي اختطف في حلب من قبل التنظيم وقتل داخل سجون الأسد.