طلب البابا فرنسيس الصفح الجمعة باسم الكنيسة للمرة الأولى منذ انتخابه عن الأضرار التي تسبب بها كهنة تعدوا جنسياً على أطفال، وأكد أن العقوبات يجب أن تكون "قاسية جداً".وقال البابا لدى استقباله المكتب الكاثوليكي الدولي للطفولة في الفاتيكان "أشعر أن من واجبي أن اتحمل المسؤولية عن كل الأذى الذي تسبب به بعض الكهنة، وهم قلة بالمقارنة مع جميع الكهنة، وأن أطلب شخصياً الصفح عن الأضرار التي تسببوا بها بالتعدي جنسياً على الأطفال".وكان سلفه البابا بنديكتوس السادس عشر طلب شخصياً الصفح لكن البابا فرنسيس لم يفعل ذلك من قبل حتى لو أنه انتقد تلك الجرائم.وأوضح أن "الكنيسة مدركة لهذا الأذى. لا نريد أن نتراجع على صعيد معالجة هذه المسألة والعقوبات التي ينبغي أن تتخذ". لكنه أضاف "اعتقد أنها يجب أن تكون قاسية جدا! لا يسمح باستغلال الأطفال".وفي يونيو 2010، طلب بنديكتوس السادس عشر بإلحاح "الصفح" باسم الكنيسة عن التعديات الجنسية على الاطفال. وقد لطخت هذه الفضيحة حبريته.وكانت لجنة الأمم المتحدة لحقوق الطفل انتقدت الفاتيكان الذي يستمر كما يقول خبراؤها في حماية بعض الكهنة المذنبين ويتقاعس عن إرغام الأسقفيات على التشهير بصورة منهجية بتلك الجرائم.واعتبرت منظمات للضحايا السابقين أن البابا فرنسيس لم يفعل شيئا. وقد اغضبها بدفاعه عن الكنيسة ودعوته المؤسسات الأخرى إلى الاقتداء بعزمه على عدم التستر بعد اليوم على الفضيحة.وفي اطار الخلاف حول المعايير الجديدة للتربية الجنسية لدى الاطفال في اوروبا -مع النقاشات حول "نظرية النوع"- انتقد البابا فرنسيس في الخطاب نفسه التربية التجريبية و"التلاعب التعليمي" الراهن. ولم يسم اي تربية بالاسم. وأضاف البابا أمام أعضاء المكتب الكاثوليكي الدولي "أريد أن أعبر عن رفضي لأي نوع من أنواع التربية التجريبية مع الأطفال". وشدد على القول "لا نستطيع أن نقوم بتجارب مع الأطفال والشبان".وقال البابا فرنسيس في تصريح اتسم بنبرة عنيفة نادرة ضد الأفكار المعاصرة أن "أخطاء التلاعب التربوي التي عايشناها أيام الديكتاتوريات الكبيرة التي قامت بعمليات إبادة في القرن العشرين لم تختف. وهي ما زالت موجودة بأشكال شتى ترغم، بحجة الحداثة، الأطفال والشبان على سلوك الطريق الديكتاتوري الذي يمثله (الفكر الواحد)".