تسعى الإدارة العامة لأمن المنافذ بوزارة الداخلية إلى تطبيق مفهوم الأمن الشامل في منافذ المملكة، وتأمين المرافق الحيوية لضمان مزيد من الأمن والاستقرار، وذلك من خلال وضع الخطط الأمنية التي تتماشى مع مختلف الفعاليات والمناسبات لتسهيل إجراءات السفر وضبط حركة الدخول والخروج مع اتخاذ التدابير الأمنية للوقاية من الجريمة.
وتقوم الإدارة العامة لأمن المنافذ بالتنسيق الدائم مع الإدارات ذات العلاقة لاتخاذ التدابير التي تكفل حماية وحراسة منافذ المملكة، وإجراء الاتصال والتنسيق المستمر مع الجهات المعنية المحلية والإقليمية والدولية لمنع الدخول غير المشروع والتهريب إلى المملكة، بالإضافة إلى دورها في المحافظة على أمن وسلامة المسافرين القادمين والمغادرين وتسهيل عملية عبورهم.
كما تضطلع الإدارة بتلقي البلاغات والشكاوي وإجراء عمليات البحث والتحري في مختلف القضايا والعمل على ضبط مرتكبي الجريمة وتقديمهم للعدالة والتنسيق مع الجهات المعنية بشأن مكافحة الأعمال الإرهابية والتصدي لها، وتعتمد المنافذ البرية والبحرية والجوية على خطط عمل تنظيمية لعملية التشغيل لإنهاء إجراءات المسافرين في الوصول والمغادرة ويوازي ذلك الخطة الأمنية التي تقوم على أساسها مهمة حفظ الأمن والنظام وسلامة المسافرين والوقاية من المخاطر والتهديدات بكافة أنواعها، حيث يتم اتخاذ سلسلة من الإجراءات التي تعمل عليها الإدارة، ومن بينها الإجراءات الكفيلة بمكافحة الجرائم العابرة للحدود والتسلل والتهريب ومحاولات اختراق الحدود والتصدي للجرائم.
ومن التطبيقات اليومية للإجراءات والتدابير الأمنية الوقائية، القيام بإجراءات الحراسة الدورية بإشراف غرفة العمليات والمراقبة التي تتولى تلقي الاتصالات الداخلية والخارجية فهي تعتبر شريان التواصل مع الجهات والمؤسسات الحكومية والخاصة والأشخاص بمختلف فئاتهم وجنسياتهم، إضافة إلى عملية المسح الأمني التي يقوم بها رجال الأمن لكافة مناطق المنفذ من أجل الكشف عن الممنوعات وتفتيش المسافرين والبضائع، حيث يتم تدريب وتأهيل كافة العاملين في مجال أمن المنافذ من خلال دورات داخلية وخارجية، حسب الاستراتيجيات التي وضعتها وزارة الداخلية لرفع مستوى الأداء وتطويره بما يتناسب مع متطلبات العمل.