فيما يلي أهم الملاحظات الجوهرية التي يراها ديوان الرقابة على وزارة الصحة: -لوحظ عدم التزام وزارة الصحة بإصدار القرار المنظم لإيرادات الرعاية الصحية الأساسية.-عدم اعتماد دليل إجراءات العلاج بالخارج لدى قسم العلاج بالخارج , مع عدم التقيد بالضوابط والتشريعات التي يحتويها الدليل.-لم يتم تزويد مدققي الديوان بما يفيد وجود قاعدة بيانات شاملة بالمستشفيات والعلاج المقدم لكل مستشفى كما جاء في تعقيب الديوان.-لم يتطرق رد الوزارة إلى ما سيتم اتخاذه من إجراءات بشأن تعديل الهيكل التنظيمي بما يتناسب مع احتياجات القسم على الرغم من تأكيدها من خلال ردها على عدم وجود وظائف على الهيكل التنظيمي لتسكين الموظفين.