أبرز مخالفات الأوقاف الجعفرية كما جاء في تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية 2013\2014:3 ألاف دينار ساعات أضافية شهرياً لأحد الموظفين .. والترقيات "عالمزاج"5.3 مليون دينار عجز في ميزانية الأوقاف الجعفريةالخطة الاستراتيجية لعامين .. وخطة التنفيذ لخمسة أعوام !126 الف دينار مجموع مبالغ مكافآت مجلس الإدارةأعضاء مجلس الإدارة يغيبون لـ 14 اجتماع من أصل 31مؤذنين يستلمون مكافآت بعد 15 شهراً من وفاتهمموظف يحصل على تقدير جيد ومكافاة 250 .. وآخر جيداً جداً ومكافآة 100 دينار88 مسجداً دون مؤذن أو إمام50% من الموظفين يعملون في وظائف مغايرة لوظائفهم45% فقط من الموظفين يحصلون على التدريباخصائي علاقات عامة يعمل رئيساً للشؤون القانونية !وظائف شاغرة لمدة 16 عاماً .. وأخرى غير موجودة في الهيكل