في إطار الحرص على تعزيز الإدارة المؤسسية وترسيخ قواعد المسئولية التضامنية، وبالنظر لأهمية منصب الأمين العام بوصفه المسؤول التنفيذي للأمانة العامة للمؤسسة، أقر مجلس المفوضين بالمؤسسة الوطنية آلية تتسم بالشفافية والمهنية لاختيار من يشغل منصب الأمين العام للمؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان. وتتصف الآلية بالشفافية والوضوح وتعدد المراحل بما يسمح بتحقيق الاختيار الأنسب بقرار جماعي ومسئولية تضامنية، تستند إلى أُسس موضوعية ومعايير مهنية، وتعتمد على تكريس مبدأ الكفاءة والخبرة والقدرة على القيادة والتوجيه والقدرة على التواصل مع مختلف القطاعات والجهات ذات العلاقة. وبناء على ذلك سيتم الإعلان في الصحف المحلية والموقع الالكتروني للمؤسسة، عن فتح باب التقدم لشغل منصب الأمين العام لكل من يجد في نفسه الكفاءة لشغل هذه الوظيفة، على أن تتضمن سيرته الذاتية الدرجة أو الدرجات العلمية الحاصل عليها، والمناصب التي تولاها، والخبرات المتراكمة لديه في مجالات العمل، ومساهماته في مجال حقوق الإنسان، إضافة لما يمكن أن يضيفه نوعيا كأمين عام، لدور وعمل المؤسسة، إذا ما وقع عليه الإختيار.ووضع مجلس المفوضين شروطا فيمن يتقدم لشغل منصب الأمين العام - كما وردت في القانون رقم (26) لسنة 2014 بإنشاء المؤسسة الوطنية لحقوق الإنسان - وهي أن يكون بحريني الجنسية، ومن الشخصيات المشهود لها بالكفاءة والنزاهة والاستقلالية ولا يقل عمره عن ثلاثين سنة ميلادية كاملة، وأن يكون حاصلا على شهادة البكالوريوس أو ما يعادلها، مع تفضيل من يحمل إجازة في القانون أو الحقوق، وأن يكون من ذوي الخبرة والدراية والاهتمام بمسائل حقوق الإنسان، وأن يكون حسن السيرة والسمعة والسلوك، وألا يكون قد صدر ضده حكم نهائي بعقوبة جناية أو بعقوبة مقيدة للحرية في جريمة مخلة بالشرف أو الأمانة، إلا إذا رد إليه اعتباره، إضافة إلى إجادته اللغتين العربية والإنجليزية، تحدثا وكتابة.وتضمن القرار تكوين لجنة للمقابلات من أعضاء المجلس تنظر في الطلبات المقدمة، وتقوم بدراستها وإجراء الامتحانات التحريرية والمقابلات الشخصية مع المرشحين، وتقدم قائمة بهم إلى مكتب مجلس المفوضين، والذي بدوره سيختار مرشحين اثنين للعرض على مجلس المفوضين لاختيار مرشح واحد بأغلبية الأعضاء الحاضرين. علما بأن قانون المؤسسة ينص على أن شغل منصب الأمين العام يكون لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد لمدد مماثلة، في نهاية كل مدة، بناء على قرار من مجلس المفوضين.