فيما يلي، أهم الملاحظات الواردة في تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية عن المجلس الاعلى للبيئة والمخالفات التي تم رصدها:

• عدم قيام المجلس الاعلى للبيئة بوضع اشتراطات وإجراءات للتخلص من جثث الحيوانات النافقة ومخلفات المسالخ،وهي تعد من المخالفات الخطرة بسبب تأثيرها المعدي.
• المجلس لم يقم بتحديد اشتراطات فرز وتصنيف وتخزين المخلفات بالمنشآت الصحية.
• غياب الدور الرقابي للمجلس في الاشراف على مدفن عسكر ساهم بعدم وقف دفن بعض أنواع المخلفات الخطرة، كالمخلفات الالكترونية الضارة للتربة والمياة الجوفية.
• المجلس لم يجري أية اختبارات أو تحاليل بيئية للتحقق من مستويات التلوث بالمدفن، لرصد الوضع البيئي وقياس نسب التلوث.
• افتقار مدفن عسكر لبطانة مناسبة تحمي التربة والمياة الجوفية من تسرب عصارة المخالفات والسموم الناتجة عن تحللها.
• اوقف المجلس الزيارات التفتيشية على المنشات البيطرية والصحية بهدف الرقابة والتحقق من ظروف فرز وتجميع المخلفات، منذ عام 2009.
• 130 منشأة لم تتخلص من مخلفاتها عن طريق المحرقة مما يساهم بنشر الاوبئة والأمراض بين الناس.