أصدر حضرة صاحب الجلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة عاهل البلاد المفدى مرسومين لسنة 2013 نصا على تنظيم مكتب النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء وتعيين الشيخ سلمان بن خليفة بن سلمان بن محمد آل خليفة مديراً عاماً له. وجاء في المرسوم رقم 25 الخاص بتنظيم مكتب النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء أنه «يتبع النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء مدير عام مكتب النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء بدرجة وكيل وزارة». ويتبع مدير عام مكتب النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء، بحسب المرسوم، «منسق عام المشاريع والبحوث بدرجة وكيل وزارة مساعد، وتتبعه إدارة المشاريع، وإدارة البحوث»،
كما يتبعه «منسق عام الإعلام والتواصل بدرجة وكيل وزارة مساعد وتتبعه إدارة الإعلام، وإدارة التواصل» ويتبع المدير العام أيضاً «إدارة مكتب النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء». ونص المرسوم رقم 26 على «تعيين الشيخ سلمان بن خليفة بن سلمان بن محمد آل خليفة مديراً عاماً لمكتب النائب الأول لرئيس مجلس الوزراء بدرجة وكيل وزارة».