احتفالاً بمرور 6 سنوات على تأسيسه؛ يستقبل متحف موقع قلعة البحرين، زواره بجدار بارتفاع 8 أمتار، يجسد الطبقات الأثرية المتراكمة على الموقع، ويتوسط الجدار 5 قاعات بحيث يجد الزائر نفسه يتدرج بشكل تصاعدي، بالإضافة لعرض 500 قطعة أثرية، تعتبر من أهم المقتنيات المستخرجة من الموقع خلال الحفريات الأثرية.
ويبقى المتحف في عيده السادس، مشرعاً أبوابه لاستقبال الزوار في ثلاثة أقسام رئيسة هي: قاعة المتحف الرئيسة، المقهى الموصول بالبحر، وقاعة المحاضرات ودكان الهدايا.
ويقع التصميم الشكلي والثلاثي للمتحف يقع على طابقين، كلاهما يرصفان لعلاقة ما بين الوجود الداخلي والطبيعة المفتوحة في الخارج. ويسمح التكوين الكتلي بفتح معبرٍ ما بين القرية الداخلية حتى الشاطئ، ويكامل المعمار بالبيئة في نوافذ وفتحات يتسلل منها الضوء والظل. كما يتركُ للهواء أن يمشي داخل المكان في رئة مفتوحة تتنفس البحر.
يذكر إن موقع قلعة البحرين مسجل على قائمة التراث العالمي العالمي لليونيسكو، وتقع القلعة أعلى تل أثري تبلغ مساحته 17 هكتاراً ونصف الهكتار والذي شيد منذ أكثر من4000 العام، وهو موقع عاصمة دلمون السابقة وأحد أهم المواقع الأثرية في الخليج العربي. وكشفت البعثات الأثرية على مدار الخمسين عاماً الماضية عن أبنية سكنية وعامة وتجارية وعسكرية تدل على أهمية الموقع على مر القرون.