أصدر حضرة صاحب جلالة الملك حمد بن عيسى آل خليفة عاهل البلاد المفدى مرسوم رقم 56 لسنة 2013 بإعادة تنظيم مكتب سمو الشيخ محمد بن مبارك آل خليفة نائب رئيس مجلس الوزراء.
و جاء في المرسوم أنه يعاد تنظيم مكتب سمو الشيخ محمد بن مبارك آل خليفة نائب رئيس مجلس الوزراء على النحو التالي :
سمو الشيخ محمد بن مبارك آل خليفة نائب رئيس مجلس الوزراء ،و يتبعه :
-مدير عام مكتب نائب رئيس مجلس الوزراء بدرجة وكيل وزارة ، و يتبعه :
1-منسق عام شئون اللجان بدرجة وكيل مساعد.
2- إدارة الخدمات والمتابعة.
3- إدارة مكتب نائب رئيس مجلس الوزراء.