أبرز مخالفات الأوقاف الجعفرية كما جاء في تقرير ديوان الرقابة المالية والإدارية 2013\2014:

3 ألاف دينار ساعات أضافية شهرياً لأحد الموظفين .. والترقيات "عالمزاج"

5.3 مليون دينار عجز في ميزانية الأوقاف الجعفرية

الخطة الاستراتيجية لعامين .. وخطة التنفيذ لخمسة أعوام !

126 الف دينار مجموع مبالغ مكافآت مجلس الإدارة

أعضاء مجلس الإدارة يغيبون لـ 14 اجتماع من أصل 31

مؤذنين يستلمون مكافآت بعد 15 شهراً من وفاتهم

موظف يحصل على تقدير جيد ومكافاة 250 .. وآخر جيداً جداً ومكافآة 100 دينار

88 مسجداً دون مؤذن أو إمام

50% من الموظفين يعملون في وظائف مغايرة لوظائفهم

45% فقط من الموظفين يحصلون على التدريب

اخصائي علاقات عامة يعمل رئيساً للشؤون القانونية !

وظائف شاغرة لمدة 16 عاماً .. وأخرى غير موجودة في الهيكل