- لم تنفذ الهيئة بعض الآليات والإجراءات المدرجة بخطط تشغيلها.. والاكتفاء بتنظيم بعضها بشكل جزئي.
- لم يتم تحديد بعض الاشتراطات والإجراءات المتعلقة بترخيص وعمل المؤسسات الصحية والصيدلانية.
- عدم تحقيق مطالب مؤسسات الصحية الحكومية القائمة قبل إنشائها والبالغ عددها 5 مستشفيات و23 مركز صحي.
- عدم وجود آلية بين الهيئة والجهات الحكومية.
-لا آلية تضمن عدم توظيف مزاولي المهن الصحية دون ترخيص.
- اقتصار الهيئة على إصدار تعاميم للمؤسسات الصحية حول ضرورة الالتزام.
- عدم اتخاذ أي إجراءات حيال المؤسسات الصحية التي لم تلتزم بتبليغها المخالفات والأخطاء المهنية.
- 247 شكوى لم يتم تسويتها من أصل 655.
- 8.797 من مزاولي المهن الصحية مسجلين من أصل 22.942
- لا وجود لإجراءات الزيارات التفتيشية المفاجئة.
- الاكتفاء بإرسال نسخة من تقرير الزيارات التفتيشية للمؤسسات وعدم متابعتها.
- تسجيل أدوية دون فحصها مختبرياً
- لا وجود لنظام مسجل للأدوية وأنواعها
- لا وجود لمفتشين تابعين للهيئة في المنافذ الجمركية.
- الافتقار إلى آلية لمتابعة التحذيرات الخاصة.
