- لم تنفذ الهيئة بعض الآليات والإجراءات المدرجة بخطط تشغيلها.. والاكتفاء بتنظيم بعضها بشكل جزئي. - لم يتم تحديد بعض الاشتراطات والإجراءات المتعلقة بترخيص وعمل المؤسسات الصحية والصيدلانية. - عدم تحقيق مطالب مؤسسات الصحية الحكومية القائمة قبل إنشائها والبالغ عددها 5 مستشفيات و23 مركز صحي. - عدم وجود آلية بين الهيئة والجهات الحكومية.-لا آلية تضمن عدم توظيف مزاولي المهن الصحية دون ترخيص.- اقتصار الهيئة على إصدار تعاميم للمؤسسات الصحية حول ضرورة الالتزام.- عدم اتخاذ أي إجراءات حيال المؤسسات الصحية التي لم تلتزم بتبليغها المخالفات والأخطاء المهنية.- 247 شكوى لم يتم تسويتها من أصل 655.- 8.797 من مزاولي المهن الصحية مسجلين من أصل 22.942- لا وجود لإجراءات الزيارات التفتيشية المفاجئة.- الاكتفاء بإرسال نسخة من تقرير الزيارات التفتيشية للمؤسسات وعدم متابعتها.- تسجيل أدوية دون فحصها مختبرياً- لا وجود لنظام مسجل للأدوية وأنواعها- لا وجود لمفتشين تابعين للهيئة في المنافذ الجمركية.- الافتقار إلى آلية لمتابعة التحذيرات الخاصة.